ג’ואל אלון שירת למעלה מעשרים שנים בצה"ל, מרביתן בחיל האוויר. לאחר שירות כלוחם יבשה, התנדב לקורס טיס. אלון שירת כטייס מסוקים, והתקדם עד לתפקיד של סגן מפקד טייסת מסוקים. אלון למד במקביל לימודי הנדסה באוניברסיטת תל אביב, ולאחר שסיים אותם בהצטיינות, עבר אלון לשרת בתפקידי מטה בחיל האוויר, ביניהם פיקוד על ענף תכנון תקציב חיל האוויר. אלון השתחרר בדרגת סא”ל, והמשיך לשרת עוד עשרים שנים במילואים בחיל האוויר.